Syed Muhammad Naquib al-Attas lahir di Bogor, Indonesia. Beliau telah menempuhi pendidikan awal pada usia 5 tahun di Johor, Malaysia, namun ketika saat pendudukan Jepun beliau telah pergi belajar ke Jawa untuk belajar bahasa Arab di Madrasah Al-`Urwatu’l-Wuthqa.

Setelah tamat Perang Dunia II pada tahun 1946, beliau kembali ke Johor semula untuk menyelesaikan pendidikan menengahnya. Beliau amat tertarik dan mempelajari sastera Melayu, sejarah, dan kebudayaan Barat. Ketika kuliah di Universiti Malaya, Al-Attas menulis Rangkaian Ruba`iyat, sebuah karya kesusasteraan, dan Some Aspects of Sufism as Understood and Practised among the Malays. Dari sini beliau melanjutkan pengajian ke the Institute of Islamic Studies di Universiti McGill, Montreal, Kanada. Pada tahun 1962, Al-Attas menyelesaikan pengajian pasca siswazah/sarjana di sini dengan tesis Raniri and the Wujudiyyah of 17th Century Acheh. Al-Attas kemudian melanjutkan pengajian ke School of Oriental and African Studies, University of London di bawah bimbingan Professor A. J. Arberry dari Cambridge dan Dr. Martin Lings. Tesis doktornya (1962) ialah kajian tentang dunia mistik Hamzah Fansuri.

Pada tahun 1987, Al-Attas mendirikan sebuah institusi pendidikan tinggi bernama International Institute of Islamic Thought and Civilization (ISTAC) di Kuala Lumpur. Melalui institusi ini, Al-Attas bersama sejumlah pelajar kolej dan mahasiswanya melakukan kajian dan penelitian mengenai Pemikiran dan Peradaban Islam, serta memberikan respons yang kritikal terhadap Peradaban Barat.